6x01 Last Man Standing
(Egy Mindenkiért)

Gibbs ügynök megkapja az új csapatát, Lee ügynököt a jogi osztályról, Langer ügynököt az FBI-tól, és Keating ügynököt a számítástechnikusoktól. Egy halott őrmestert találnak egy lakókocsiparkban, Gibbs és új csapata nyomozni kezd, közben kiderül a csapatváltozás igazi oka.

6x02 Agent Afloat
(Ügynök a fedélzeten)

A hadihajón, melyen Tony szolgál eltűnik egy tengerész. Az elűnt tengerész feleségét Gibbs-ék holtan találják. Tony ki megy a partra, hogy nyomozzon az eltűnt tengerész után, amikor megtalálja a holttestét a katonának. Kiderül, hogy egy másik ember ment fel a hajóra az eltűnt nevében.

6x03 Capitol Offense
(A Szenátor Félrelép)

Két biciklista talál egy tetemet egy tóban, akiről kiderül, hogy a Pentagonban dolgozott összekötőként. A nő nevét nem hozzák nyilvánosságra, de Gibbs egyik régi bajtársa jelentkezik nála, hogy ismerte a nőt. Eközben egy telefonáló bejelenti, hogy hol van a gyilkos fegyver, ami Gibbs barátjáé, egy kongresszusi képvíselőé.

6x04 Heartland
(Szülőföld)

Egy bár mögött megvernek két tengerészt, az egyik a helyszínen belehal sérüléseibe, míg a másik túléli, de súlyosan megsérül. Kiderül, hogy az a tengerész, aki túlélte, Gibbs szülővárosából, Stillwater-ből származik. Hamarosan a városkába utazik Gibbs, Ziva és McGee, ahol találkoznak Gibbs régi ellenségeivel és apjával.

6x05 Nine Lives
(Kilnec élet)

Egy tengerészre szomszédnője talál rá, a katonát megkínozták. A nyomok a tengerész egykori feletteséhez vezetnek, akinek házához érkezve Tony és Gibbs szembesül Fornell ügynökkel, mert az egykori tengerészt, aki három hete vonult nyugdíjba, az FBI védőőrizet alá helyezte.

6x06 Murder 2.0
(Gyilkosság 2.0)

Egy tengerészeti bázison élő házaspár zuhanyrózsájából vér folyik ki, kiderül hogy a bázis egyik elosztó tartályába egy holttestet helyezett el valaki. a holttest szájában egy weblap címét találták, mely egy videóra irányít át, a videóra az áldozat halála van felvéve. Az áldozat után nyomoznak, mikor eljutnak a második hullához.

6x07 Collateral Damage
(Járulékos Veszteség)

Kirabolnak egy bankot egy tengerészeti bázison, a bankrablók megölnek egy őrt, és elmenekülnek a lopott pénzzel. Mivel az eset egy tengerészeti bázison történt, méghozzá Quanticoban, Gibbs és csapata kezdi a nyomozást, de sietniük kell, mert az FBI át akarja venni az ügyet.

6x08 Cloak
(Köpeny)

Gibbs és csapata feladatot kap az NCIS igazgatójától, hogy próbáljanak meg betörni egy szigorúan ellenőrzött tengerészeti létesítménybe. Tony és Ziva törnek be, de lebuknak. Mivel ez egy teszt volt, így különösebb következménye nem volt lebukásuknak, de kiderül hogy ők csak egy csali voltak, hogy kiderítsék ki a "tégla".

6x09 Dagger
(Kard)

Folytatódik a nyomozás arról, hogy ki akarja ellopni a "Domino" nevű programot. Lee ügynök lányának eddigi rejtekhelyét megtalálták, de ő már nincs ott, csak az egyik emberrabló holtteste. Gibbs mindent bevet hogy kiderítse ki az áruló, képbe kerül egy volt NSA alkalmazott, akinek a feleségét rabolták el ugyan azok, akik Lee lányát is elrabolták.

6x10 Road Kill
(Cserbenhagyás)

Egy csapat bulizó fiatalt megzavar egy haldokló férfi, aki segítséget akar tőlük kérni, mert autóbalesetet szenvedett, ám erre már nincs ideje, mert a tábortűz mellett az életét veszti. Doki a test vizsgálata során rájön, hogy Collins altiszt, verekedésbe keveredett, s a szörnyű sérülései legtöbbjét nem a balesetben szerezte. Később pedig minden jel arra utal, hogy a katona gazdag férfiakat zsarolt...

6x11 Silent Night
(Csendes Éj)

Karácsony előestéje van, ám az NCIS csapata ilyenkor is dolgozik. A gyilkosságiak kérik ugyanis a segítségüket, amikor egy betöréses rablásnál egy idős házaspár az életét veszti. Az ujjlenyomatok szerint Ned Quinn vietnámi veterán altiszt követte el a bűntényt, aki azonban már csaknem 15 éve halott...

6x12 Caged
(Fogság)

Egy horrorfilmet forgató stáb éppen az erdőben készíti az egyik jelenetet, amikor a főszereplő lány beleesik egy gödörbe, egy csontváz mellé. Doki később a vizsgálat közben megállapítja, hogy az áldozat ujjpercei hiányoznak. Ebből Gibbs ráismer a tettesre, aki éppen a büntetését tölti egy fegyházban. A kihallgatására McGee-t küldi el, ám börtönlázadás tör ki, és az ügynököt túszul ejtik...

6x13 Broken Bird
(Sebzett madár)

Egy helyszínelés során Dr. Mallard-ot megtámadja egy asszony, és egy késsel átszúrja a kezét. A csapat kideríti, hogy a háború alatt Doki egy táborban szolgált orvosként, ahol embereket kínoztak. A nő pedig úgy véli, hogy a bátyját Doki ölte meg, ezért az afgán követség háborús bűnök elkövetéséért akarja bíróság elé állítani...

6x14 Love & War
(Szerelemben, háborúban)

Egy katonát holtan találnak egy erdei házban. Doki a helyszínelés során megállapítja, hogy a férfit megmérgezték, majd szabályosan kibelezték, ami feltehetően rituális gyilkosságra utal. A nyomozás közben kiderül, hogy a férfi munkahelyéről eltűnt egy titkos fejlesztésű program.

6x15 Deliverance
(Szabadulás)

Az NCIS csapat egy városi bandában találja magát amikor egy tengerész halálát vizsgálják. Gibbs-nek újra szembe kell néznie múltjával amikor egy üzenetet találnak számára a helyszínen.

6x16 Bounce
(Őrségváltás)

Amikor Tony egy régi ügye újra aktuális lesz, szerepet cserél Gibbs-szel hogy végre megoldhassa a bűntettet.

6x17 South By Southwest
(Dél, Délnyugat)

Amikor egy ügynöktársuk meghal, az NCIS csapat a sivatagba siet hogy megtaláljanak egy nőt, aki talán mindenre tudhatja a választ az üggyel kapcsolatban...

6x18 Knockout
(Kiütés)

Egy bokszoló halála arra készteti Vance-t, hogy elkérje az NCIS csapatot és belekezdjen a nyomozásba, miközben Gibbs Vance múltjában kutakodik...

6x19 Hide and Seek
(Bújócska)

Amikor egy gyerek talál egy fegyvert amivel nem rég megöltek valakit, az egész család vizsgálat alá kerül, hogy az NCIS csapat megtalálja ki volt az aki utoljára lőtt a fegyverrel és éppenséggel, hogy kit is lőttek le vele.

6x20 Dead Reckoning
(Végelszámolás)

Gibbs-nek félre kell tenni személyes érzéseit és együtt kell dolgoznia Trent Kort-tal aki azért jött vissza, hogy lenyomozzon egy veszélyes bűnözőt.

6x21 Toxic
(Méreg)

Abby-nek át kell venni egy szigorúan titkos kormányzati ügyet, amikor a kormányzat tudósa eltűnik, és hamar rájön hogy a dolgok közel sem azok, amiknek látszanak, a csapat pedig aggódik Abby biztonságáért.

6x22 Legend (1)
(Legenda, 1. rész)

A csapat Los Angeles-be megy, hogy együtt dolgozzon az ottani NCIS-szel egy gyilkossági nyomozásban, ami hamar átalakul valami nagyobb dologgá. Mialatt Tony Ziva magánéletében kutakodik

6x23 Legend (2)
(Legenda, 2. rész)

Los Angeles-ben Gibbs és McGee folytatja a munkát az ottani NCIS-szel, hogy lekapcsolhassanak egy terrorista csoportot. Callen ügynökből titkos ügynök lesz, amíg egy pszichológus leleplezi az igazságot a kapcsolatról McGee és Macy ügynök között. Ezalatt Tony fél, hogy Ziva nem marad hű az NCIS-hez.

6x24 Semper Fidelis
(Örök Hűség)

Amikor egy ICE ügynököt megölnek egy biztonsági szerződés megkötése után a SecNav rezidenciáján, a csapat kénytelen együtt dolgozni az FBI-jal és az ICE-vel, annak érdekében, hogy minél hamarabb megtalálják a gyilkost. Ezalatt Tony szembenéz Rivkin-nel.

6x25 Aliyah
(Aliyah)

Tony Rivkin-nel való vitája után az NCIS csapat Izrael-be repül egy utolsó megmérettetésre ahol nem éppen szívélyes fogadtatásban részesülnek Ziva apjától, a Mossad fejétől. Gibbs-nek okos döntést kell hoznia, ahogy a helyzet egyre csak bonyolódik.