6x01 The Mastodon in the Room
(még nem került adásba Mo.-n)

Booth és Brennan visszatérnek Washingtonba, hogy megmentsék Dr. Saroyan állását. Újra összeáll a csapat és visszaszerzik maguknak a Jefferson Intézetet.

6x02 The Couple in the Cave
(még nem került adásba Mo.-n)

Booth barátnője váratlanul Washington-ba érkezik, és meglátogatja Booth-t miközben Brennan-el reggelizik a Royal Dinner-ben. Eközben riasztást kapnak, egy halott párra lelnek egy barlangban...

6x03 The Maggots in the Meathead
(még nem került adásba Mo.-n)

Booth és Brennan a tengerparton folytatnak nyomozást, ahol egy erősen lebomlott holttestet találnak a helyiek.

6x04 The Body and the Bounty
(még nem került adásba Mo.-n)

Miután egy koponya és bomló félben lévő kezeket találnak egy kukában, a csapatnak nem csak meg kell oldania a bűnügyet, de meg is kell találniuk a test többi részeit..

6x05 The Bones That Weren't
(még nem került adásba Mo.-n)

Egy ígéretes táncos koponyáját találják egy adag betonba ágyazódva. Eközben Booth újságírő barátnője, Hannah, egy új feladatot kap a város egy kevésbé kellemes részén. Elvállalja és ezzel életveszélyes helyzetbe keveri magát. 

6x06 The Shallow in the Deep
(még nem került adásba Mo.-n)

 A múlt és a jelen összetalálkoznak, amikor egy régi rabszolga hajó maradványait találják meg és az áldozatokat a Jeffersonba szállítják azonosításra. Csakhogy van egy pár hónapos hulla is a rabszolgák közé rejtve.

6x07 Babe in the Bar
(még nem került adásba Mo.-n)

  Egy vadonatúj hatalmas csokitábla avatásán egy hulla kerül elő a csokoládéból. Booth-on és Brennan-en a sor, hogy megoljdák a rejtélyt.

6x08 The Twisted Bones in the Melted Truck
(még nem került adásba Mo.-n)

 Egy tanár-diák kapcsolat halálos véget ér a Dr. Csont legújabb epizódjában.

6x09 The Doctor in the Photo
(még nem került adásba Mo.-n)

Brennan és Booth újabb ügyében egy Brennan-hez hasonló tudós az áldozat. Bones újraértékeli az életét és talán megteszi a következő lépést is...

6x10 The Body in the Bag
(még nem került adásba Mo.-n)

Egy női testet találnak egy zuhanyzóban, az azonosítás során kiderül, hogy a nő egy táskás cégnél dolgozott. Miközben a csapat a nő meggyilkolásának ügyében nyomoz Angela és Hodgins megvitatják a jövőjüket, Booth pedig megnyílik Hannah előtt Brennan érzéseiről.

6x11 The Bullet in the Brain
(még nem került adásba Mo.-n)

A Sírásót, azaz Heather Taffet-et átszállítják egy bírósági tárgyalásra, azonban mielőtt bejutna az épületbe egy mesterlövész veszi célba.

6x12 The Sin in the Sisterhood
(még nem került adásba Mo.-n)

Egy férfit találnak holtan egy kukoricaföld közepén, amikor Booth-nak sikerül azonosítania az áldozatot, kiderül, hogy a férfinak valójában három felesége is volt.

6x13 The Daredevil in the Mold
(még nem került adásba Mo.-n)

Egy extrém-motoros trükkje rosszul sikerül és holtan kerül elő, Booth pedig új szintre  akarja emelni kapcsolatát, ami talán rosszul fog elsülni, hiszen a döntését részegen hozta meg, miközben Sweets-szel iszogatott...

6x14 The Bikini in the Soup
(még nem került adásba Mo.-n)

Egy esküvő tervező maradványa kerül elő Valentin Napon, és Cam sűrgeti a csapatot, hogy gyorsabban végezzenek, így a pasijával tölthesse a napot.

6x15 The Killer in the Crosshairs
(még nem került adásba Mo.-n)

A gonosz mesterlövész visszatér, hogy újabb bosszút álljon. Booth-nak végleg elege lesz belőle és a gyilkos nyomába ered Brennan-nel együtt.

6x16 The Blackout in the Blizzard
(még nem került adásba Mo.-n)

Óriási hóvihar van D.C.-ben a klímaváltozás miatt. Booth ráveszi Brennan-t hogy segítsen neki néhány stadiumszék felcipelésében, azonban szerencsétlenségükre a liftben ragadnak, amikor a vihar leveri az áramot D.C.-ben. Eközben Cam kap egy hullát a Jefferson-ban, ami úgy tűnik, hogy halálos vírússal került kapcsolatban. De az ügyet elektromosság nélkül kell megoldaniuk.

6x17 The Feat on the Beach
(még nem került adásba Mo.-n)

Egy lábat találnak a parton, Booth és Brennan útja pedig a Testrész-farmra vezet, ahol különböző módon elhalálozott emberek vannak kiállítva. Brennan jól érzi magát a farmon, nem úgy mint társa, Booth.

6x18 The Truth in the Myth
(még nem került adásba Mo.-n)

Egy szellemírtó tv-show műsorvezetőjének holtteste kerül elő, és úgy tűnik, hogy Chupacabra, egy mítikus lény ölte meg a férfit. Az ügyben Vincent Nigel-Murray lesz a csapat segítségére.

6x19 Finder
(még nem került adásba Mo.-n)

A Florida-i Everglades-ben egy múzeumi biztonsági őr holttestét találják meg, aki megpróbált ellopni egy 17. sz.-i nemzeti kincset. Booth az ügyben régi iraki katona társa , Walter Sherman segítségét kéri, aki mindent és mindenkit képes megtalálni. Booth és Brennan így kincsvadászatra indulnak, karöltve új társaikkal.

6x20 The Pinocchio in the Planter
(még nem került adásba Mo.-n)

A csapat egy üzletember holttestét azonosítja, akit egy újonnan épített játszótéren találtak. Némi kérdezősködés után kiderül, hogy az áldozat egy radikálisan őszinte csoport tagja volt...

6x21 The Sign in the Silence
(még nem került adásba Mo.-n)

Egy lányt hoznak be az FBI-hoz, a  lány süket-néma és nem hajlandó senkivel sem kommunikálni, így Brennan-nek kell azonosítania őt, és kideríteni, hogy vajon azért csurom véres-e a ruhája, mert gyilkosság történt vagy sem...

6x22 The Hole in the Heart
(még nem került adásba Mo.-n)

Alex Broadsky visszatér, és újra Booth-t veszi célpontba. Amikor azonban a Booth-nak szánt golyó egy ártatlant talál el a Jefferson Intézetben, Booth elhatározza, hogy bármi áron megvédi Brennan-t és barátait, és levadássza Broadsky-t.

6x23 The Change in the Game
(még nem került adásba Mo.-n)

Max, Brennan apja visszatér, egy helyi bowling csapat tagjaként. Az egyik csapattárs azonban holtan kerül elő. Booth és Brennan álruhába bújnak, hogy kideríthessék ki a felelős a játékos haláláért. Angeláék gyermeke megszületik Brennan pedig meglepő hírt közöl Booth-szal.