3x01 The Widow's Son in the Windshield
(Bűnjelek a trezorban)

Három tinédzser repeszt az autópályán, amikor hirtelen egy koponya vágódik a kocsijuk szélvédőjének. Brennan, és Cam, valamint az Irakból hazatérő Zack emberi fognyomokat talál a csonton, és úgy sejtik, hogy egy kannibál gyilkossal van dolguk.

3x02 Soccer Mom in the Mini-Van
(Robbanékony múlt)

Booth és Brennan egy jól szituált, kertvárosi anya esetét vizsgálják, aki alatt váratlanul felrobban a családi autó. A nyomozás során kiderül, hogy Amy Nash voltaképpen June Harris, aki a hetvenes években egy radikális, forradalmi diákcsoport tagjaként több bűncselekményben is részt vett.

3x03 Death in the Saddle
(Nyeregben)

Oszlóban lévő hullát találnak egy erdőben: a férfi kezeit összekötözték, lábfejeit pedig levágták. A nyomok hamarosan egy zárt közösségi klubba vezetnek, ahol Booth és Brennan bizarr szexuális szerepjátékosok társaságába kerül.

3x04 The Secret in the Soil
(A Föld Titka)

Egy elhagyatott területen tinédzserek bukkannak rá egy üzletlánc tulajdonosának erősen bomlott holttestére. Mint kiderül, Franklin Curtis néha erőszakos módszerekkel igyekezett terjeszteni a bio-gazdálkodás eszméit, aminek nem sokan örültek a környékbeli gazdák közül.

3x05 Mummy in the Maze
(Múmia a Labirintusban)

Halloweenkor egy gyerekeknek berendezett szellemtanyán valódi múmiát találnak, melyről Brennan megállapítja, hogy egy fiatal lány holtteste. Amikor nem sokkal később újabb hasonló holttest kerül elő, azt is kiderítik, hogy a másik lány csaknem napra pontosan egy évvel korábban tűnt el.

3x06 Intern in the Incinerator
(Gyilkosság az Intézetben)

Magát a Jefferson Intézetet sem kerüli el a bűn: a szemétégetőből egy fiatal gyakornoklány holtteste kerül elő, akiről Angela tudja, hogy viszonya volt egy idősebb, neves kollégájával. Booth és Brennan apránként halad előre az ügyben, és kiderül, hogy lopott műkincsek is szerepet játszottak a gyilkosságban.

3x07 The Boy in the Time Capsule
(Üzenet a múltból)

Egy virginiai középiskola udvarán 1987-ben időkapszulát ástak el, melyet most, 20 év után nyitnak fel. Ám abból egy hulla csontjai és egyéb részei kerülnek elő. Booth és Brennan nyomozni kezd az ügyben és apránként megfejtik, hogy az egykori végzős gimnazisták közül kinek lehetett rá oka, hogy végezzen iskolatársával.

3x08 The Knight on the Grid
(Titkos Társaság)

A Gormogon-társaság rejtélyes kannibalisztikus rituáléjának újabb halott áldozata kerül elő. Brennan és a Jefferson-intézet csapata igyekszik még többet megtudni a titkos társaságról és ebben nagy segítségükre van a megdöbbentő felfedezésre jutó Zack is.

3x09 The Santa in the Slush
(Keserédes Ünnep)

Karácsony előtt néhány nappal egy mikulás-ruhába öltözött, halott férfi tetemét találják meg a csatornában. Booth és Brennan cinikusak az ügyben, mindkettejük hangulatára árnyékot vet, hogy nem úgy és nem azzal ünnepelhetik a karácsonyt, akivel és ahogy szeretnék.

3x10 The Man in the Mud
(Mindenki Sáros)

Emberi maradványokat találnak egy nemzeti park iszaptavában és a férfiról kiderül, hogy sikeres motorversenyző volt. A pályán tanúsított könyörtelensége miatt az áldozatra többen is megorrolhattak az ellenfelek közül.

3x11 Player Under Pressure
(Feszült Kapcsolatok)

Amikor az egyik egyetemi kosárlabda-csapat ifjú tehetségét a csarnok tribünje agyonnyomja, Booth és Brennan segítségét kérik az ügy felgöngyölítéséhez. Úgy tűnik, az áldozatnak, fiatalkora ellenére, meglehetősen sok ellensége volt.

3x12 The Baby in the Bough
(A kis túlélő)

Booth és Brennan egy közúti balesethez mennek ki: a törött autóban szénné égett nőt találnak, de hamarosan rábukkannak a karambolt csodás módon épen átvészelt kisbabára is. A közeli kisvárosban kezdik meg a nyomozást, ahol az ipar és a kereskedelem elvándorlása miatt minden halódik.

3x13 The Verdict in the Story
(Ítélethírdetés)

Brennan apja, Max a bíróság elé áll, hogy feleljen Robert Kirby FBI-igazgató megöléséért. A bíróság Brennant is beidézi, aki nem tudja eldönteni, melyik a helyes út. Szakértőként, logikus, törvénytisztelő polgárként elítéli apját, ugyanakkor indítékai megmagyarázzák a cselekedetét.

3x14 The Wannabe in the Weeds
(A rajongó)

Kíméletlenül meggyilkolnak egy énekest, aki rendszeresen nagy sikerrel szerepelt tehetségkutató esteken. Az első számú gyanúsított egy rögeszmésen szeretetmániás nő. Tommy halála megrázza ugyan, de hamarosan Booth lesz őrült rajongása tárgya, amikor az ügynök egy ártatlan alkalommal figyelmesen megérinti.

3x15 The Pain in the Heart
(Temetés)

A gyásztól sújtott csapat Booth temetésére készülődik, és társa elvesztését különösen Brennan viseli rosszul. A csoportnak hamarosan komoly feladattal is szembesülnie kell: a Gormogon-gyilkos egy csontot küld Brennannek, majd pedig egy robbanás rázza meg a labort, amiben Zack súlyosan megsérül.