6x01 Epilogue
(Epilógus)

Danny és Mac mindent megtesz, hogy elfogják azt, aki rájuk lőtt a bárban és ekkor Danny egy váratlan hívást kap egy nőtől, aki azt állítja, hogy információja van az üggyel kapcsolatban.

6x02 Blacklist
(Feketelista)

Mac megpróbál rájönni, hogy egy rejtélyes hívó miért tesz fel kérdéseket az apjáról és hogy honnan tudja a nevüket.

6x03 LAT 40°47'N/Long 73°58'W
(Égtájak)

Egy férfit egy ablakból kilógva találnak egy Ellis Island-i épületben. A csapatnak rá kell jönnie minél gyorsabban, hogy miért is halt meg a férfi

6x04 Dead Reckoning
(Extrapoláció)

Egy nőt meggyanúsítanak a férje meggyilkolásával, ám a DNS tisztázza a feleséget és egy teljesen másik nőre utal. Egy ismeretlen fantom-sorozatgyilkosra, akinek munkája az egész városban fellelhető.

6x05 Battle Scars
(Harci sebek)

Egy utcai táncost, aki tízezer dollárt nyert egy tánccsatában, látszólag kirabolnak, majd megölnek a hotelszobájában, amikor a barátnőjével ünnepel, de a pénzt érintetlenül otthagyják...

6x06 It Happened to Me
(Ez történt velem)

Hawkes könnyen bajban találhatja magát egy férfi halála miatt. A csapat azonban végül arra is rájön, hogy Hawkes miért akar annyit túlórázni.

6x07 Hammer Down
(Padlógáz)

Egy egyszerűnek tűnő közlekedési balesetből hamarosan gyilkossági és illegális szervkereskedelmi ügy lesz.  Az elkövetők üldözése hatalmas munka, a New Yorki, Las Vegasi és Miami helyszínelő csapatok közös erővel akarnak véget vetni a bűnténynek. Hawkes nagyon feldúlt az ügy miatt.

6x08 Cuckoo's Nest
(Kakukkfészek)

Miután egy test 59 emeletnyit zuhan a Street Bridge-ről a CSI csapat egy iránytűt talál az áldozat mellett ami észak felé mutat. Az iránytűs gyilkos újból visszatér, hogy további áldozatokat szedjen, de ezúttal a csapat már tudja a nevét. Flack alkoholizmusa pedig a karrierjébe is kerülhet...

6x09 Manhattanhenge
(Manhattanhenge)

Danny először van terepen Flack-kel az évadzáróban történt lövöldözés óta, egy bolt tulajdonosának élete  a tét. Mac eközben olyan fontos bizonyítékot talál, amivel keresztezi egy sorozatgyilkos útjait.

6x10 Death House
(A halál háza)

Egy 911-es bejelentés miatt Mac és csapata egy kiadó luxus apartmanba mennek ki. Felfedeznek valami mást is, ami az ügyet teljesen más irányba tereli. Meg kell találniuk a titokzatos hívót, de meg kell oldaniuk egy több mint 50 éves holttest rejtélyét is, a ház viszont csapdákat rejt magában.

6x11 Second Chance
(Új élet)

A csapat rájön, hogy egy férfinak - aki már két éve nem drogozott , de elütötte egy jármű - két millió dolláros életbiztosítása volt, nagy a valószínűsége, hogy emiatt ölték meg. Viszont sokkal nehezebb kideríteniük, hogy a második áldozat, aki személyazonossági lopás áldozata lett, hogyan halt meg, és a két haláleset között van-e lehetséges kapcsolat.

6x12 Criminal Justice
(Igazságszolgáltatás)

Mac belekeveredik egy régi barátja magánéletébe, és kénytelen szövetkezni, amikor többet sikerül megtudnia, mint amennyit szeretett volna, és többre jön rá, mint amennyit gyanított. Ugyanakkor be szeretné tartani egy 18 éves lány gyilkossági ügyében tett ígéretét arra, hogy igazságot fog szolgáltatni.

6x13 Flag on the Play
(Szabálytalanság)

Miután egy gyönyörű ifjú lányt holtan találnak a fehérneműs focicsapatból, méghozzá az öltöző fürdőjében, a csapat rájön, hogy a verseny egyáltalán nem olyan tiszta, mint azt korábban gondolták. A sötét múltú edzőtől elkezdve a tiltott szteroidok használatán keresztül, a csapattagok rivalizálásán át a csapatnak  a plasztikai műtétek világába is bele kell látniuk, hogy felfedhesse az igazságot az egyéni érdekek és szövetségek forgatókönyve mögött.

6x14 Sanguine Love
(Vérszomj)

A helyszínelők New York-i csapata belekeveredik a modern vámpirizmus homályos világába, ahol a vérmegosztás az alapja egy furcsa, spirituális vallási köteléknek, amikor egy fiatal kivérzett nő holttestét találják meg a Central Park havában, megvágott fülcimpával, és pontszerű sebekkel a nyakán.

6x15 Formula
(Versenyben)

A csapat megismerkedik a F1 világával, amikor a Seraphim Racing Team egyik pilótájának a halálának ügyében nyomoz. Hamarosan rájönnek, hogy nemcsak a sebesség, az adrenalin és a szponzorok vannak a játékok ezen világában.

6x16 Uncertainty Rules
(Bizonytalanságban)

A CSI csapat egy kivételesen brutális gyilkosságot vizsgál, a válaszok pedig nem egyszerűek kérdéseikre.

6x17 Pot of Gold
(A kincs)

Szent Patrik napja van és New York City a zöld színeiben ragyog, kivéve egy elhagyatott raktárházat Brooklyn-ban, ahol két hulla vörösre festette a város picinyke részét.

6x18 Rest In Peace, Marina Garito
(Nyugodj békében, Marina Garito)

Amikor Marina Garito holttestét megtalálják, Stella meg van győződve arról, hogy minden bizonyíték ellenére a nő nem követett el öngyilkosságt..

6x19 Redemption
(Megváltás)

Hawkes elhívják egy kivégzésre melynek az lett a vége, hogy egy titok napfényre került a családjával kapcsolatban. Mielőtt kijuthatna a börtönből, túszul ejtik egy lázadásban. A csapatnak be kell jutnia, hogy időben kihozzák őt, mielőtt a rabok rájönnek, hogy Hawkes zsaru. Azonban Hawkes-nak saját tervei vannak arra az időszakra, amit a börtönben tölt el...

6x20 Tales from the Undercard
(?)

Egy vita két munkás között elfajul, amikor felszínre kerül egy volt bokszoló teste a cement alól. Ezalatt Shane Casey folyamatosan bajba keveri Danny-t.

6x21 Unusual Suspects
(Szokatlan gyanúsítottak)

Nicky-t, egy 14 éves fiút lelőnek és kirabolnak egy sikátorban, és ezt 10 éves testvére Sam végig nézi. A nyomozás alatt Flack mély kapcsolatot alakít ki a kisfiúval, Sam-mel, amikor közösen próbálják megfejteni, hogy ki lőtte le Nicky-t, és hogy ki lopta el a Rolex órát tőle, amit még az apjától kapott, amikor az édesapja meghalt.

6x22 Point of View
(Nézőpont)

Mac szemtanúja lesz valami furcsa eseménynek a lakásából, aminek talán köze van az egyik folyamatban lévő nyomozásukhoz. Amikor az ügy kihűlni látszik, Mac megint furcsa eseményeknek szemtanúja lesz. Olyan eseményeknek, amikor meglepőek és veszélyesek, ráadásnak valaki olyannak is köze van a dologhoz, akit Mac nagyon is jól ismer.

6x23 Vacation Getaway
(Szabadság)

Danny és Lindsay a lányukkal Lucy-val nyaralni mennek, csakhogy egy őrült, aki nem más mint Shane Casey közbelép és veszélybe sodorja a Messer családot.