5x01 Bury Your Dead
(Apák napja)

Kiderül hogy Jeanne apja nem más mint La Grenouille. Tony autója felrobban, miközben La Grenouille limuzinját követi. A felrobbant autóban egy összeégett holttestet találnak, Tony fegyverével és irataival. Gibbs-nek, Ziva-nak és McGee-nek ki kell derítenie hogy valóban Tony ült-e az autóban.

5x02 Family
(Család)

Egy tengerészgyalogos karambolozik és szerencsésen túléli az ütközést, de a karambol után lelövik őt. A másik kocsiban utazó nő meghal, de látszólag már halottan ült be a kocsiba. A nőről kiderül hogy egy hírhedt szélhámos, aki sok embert vert már át, és ráadásul a közelmúltban született meg gyermeke.

5x03 Ex-File
(Ex-Akták)

Egy tengerészgyalogost szigonnyal a mellkasában találnak meg. A nyomozást nem Gibbs vezeti, hanem barátnője, ráadásul a gyanusítottak közé kerül Gibbs egyik ex-neje is, Stephanie. Mivel a nyomozást nem Gibbs vezeti, egy ellenőrt küldenek Abby mellé, aki McGee „vetélytársa” lesz.

5x04 Identity Crisis
(Személyiségzavar)

Dr. Mallard épp előadást tart az emberi testről egy hullán, amikor kiderül hogy az ismeretlen férfi nem természetes halált halt, hanem higanyt injekcióztak az agyába. A halottról korábban a rendőrség azt állapította meg hogy a saját hányásába fulladt bele, és azonosítani sem tudták a körülbelül ötven éves fekete férfit.

5x05 Leap of Faith
(Halálugrás)

Egy tengerészgyalogos le akar ugrani egy épület tetejéről felesége miatt. Gibbs mindent megtesz hogy élve lehozza a katonát a tetőről, de akkor amikor sikerül meggyőznie arról, hogy ne legyen öngyilkos, lelövik a katonát.

5x06 Chimera
(Kiméra)

Egy katonai hajón rejtélyes körülmények között meghal egy tengerbiológus, Gibbs és csapata a hajóra érkezik, hogy kiderítsék, hogy mi, vagy ki ölte meg a tengerészt. Mikor azonban a fedélzetre érkeznek, üresen találják a hajót. Kiderül hogy a legénység elmenekült, és a halott tengerbiológust egy veszélyes vírus ölte meg.

5x07 Requiem
(Rekviem)

Egy lány tűnik fel az NCIS irodájában, és Gibbs-et keresi. Kiderül hogy a lány Gibbs halott lányának, Kelly-nek volt a barátnője. Azért kereste fel Gibbs-et, mert egy katona zaklatja őt. Gibbs elintézi a katonát, de a lányt később elrabolják. A nyomok egy régi gyárépületbe vezetnek.

5x08 Designated Target
(Célbalövés)

Egy admirálist megölnek egy taxiban a sofőrrel együtt. Gibbs és csapata rájön, hogy a célpont nem az admirális volt, hanem a sofőr. A sofőr Burundiából származott, és hét éve jött az Egyesült Államokba. Kiderül hogy nem ő az első burundi taxisofőr akit ugyan olyan körülmények között öltek meg.

5x09 Lost and Found
(Túlélés)

Abby egy cserkész csoportot vezet körbe a laborjában, amikor az AFIS ujjlenyomat azonosítón találomra leellenőrzi egy kiscserkész ujjlenyomatát. Az AFIS azonosítja, és kiderül, hogy a gyereket elrabolták. Gibbs-nek és csapatának sikerül azonosítani a gyerek apját, akit gyilkosság vádjával köröz a rendőrség.

5x10 Corporal Punishment
(Rossz vér)

Egy tizedes megszökik a haditengerészet kórházából. Sürgősen meg kell találni, mert ezüst csillag kitüntetésre terjesztették fel. A katona viszont látszólag megőrült, elrabolta egyik orvosát, és szökésben van. Miután elkapják őt, kiderül, hogy szteroidokkal van tele a szervezete.

5x11 Tribes
(Törzsek)

Egy arab tengerészt megölnek egy mecsettől 2 saroknyira. Látszólag rablótámadás, mert eltűnt minden értéke. Dr. Mallardnak nehezére esik felboncolni az illetőt a katona vallása miatt. Kiderül hogy több arab származású katonát is megöltek az elmúlt időszakban, mert nem voltak hajlandóak terroristának állni.

5x12 Stakeout
(Megfigyelés)

Gibbs és csapata egy raktárat figyel meg, ahol egy ellopott radart tárolnak. A megfigyelést egy névtelen e-mail alapján végzik, hogy elkapják a tolvajokat, azonban egy embert megölnek a raktár mellett, ráadásul a radart is sikerült észrevétlenül kicsempészni a raktárból.

5x13 Dog Tags
(Kutyaszorítóban)

Gibbs és csapata egy drogcsempészettel gyanusított tengerész házához érkezik, amikor McGee-t megtámadja egy kutya. A házban megtalálják a katonát, akit látszólag egy kutya ölt meg. A gyanusított a kutya lesz, de Abby meg van győződve ártatlanságáról, ezért mindent megtesz, hogy tisztázza a kutyát.

5x14 Internal Affairs
(Belügyek)

Az NCIS épületét ellepik az FBI emberei. La Grenouille gyilkosa után nyomoznak, és mivel az igazgatónőnek kapcsolata volt vele, gyanússá válik Gibbs és csapata is. Miután mindenkit kihallgatnak, Gibbs, Ziva, McGee és Dr. Mallard elmennek Gibbs házába, hogy elkezdjenek maguk is nyomozni La Grenouille gyilkosa után.

5x15 In The Zone
(A Zóna)

Egy katonát megölnek Irakban, és a katona felesége kiharcolja hogy az ügyet a washingtoni NCIS vizsgálja. Az igazgatóhelyettes kiküli Tony-t és Nikki-t Irakba, hogy kiderítsék ki ölte meg a századost. Eközben Gibbs, Ziva és McGee Washingtonban nyomoz, hogy kinek állt szándékában megölni a katonát.

5x16 Recoil
(Kattanás)

Egy sorozatgyilkos után nyomoznak, Ziva beépül. Mikor Tony megtalálja az ötödik áldozatot a férfi lakásán, Ziva-nak szólnak, hogy letartóztatják a férfit. A Gyilkos rájön, hogy Ziva beépített ember, ezért le akarja lőni őt, de Ziva lefegyverzi. Kiderül, hogy nem egy gyilkos van, hanem kettő.

5x17 About Face
(Arcátlanság)

Egy építkezésen találnak egy hullát, miközben Dr. Mallard lemegy, hogy felhozza a hordágyat, dr. Palmer talál egy útlevelet az áldozatnál. Palmer csak egy pillanatra nem figyel, és az útlevél eltűnik, Palmer elkezdi üldözni a tolvajt, de az rálő. Gibbs és csapata mindent bevet, hogy Palmer azonosítani tudja a tolvajt.

5x18 Judgement Day (1)
(Végítélet 1. rész)

Decker különleges ügynök szívrohamban meghal, Shepard igazgatónő személyesen is részt vesz a temetésén, ahol elhangzik az Oshimaida név, Shepard-nak ismerősen cseng, ezért elkezd nyomozni. Az igazgatónőt elkíséri Tony és Ziva is, de őket lerázza, majd Franks segítségét kéri

5x19 Judgement Day (2)
(Végítélet 2. rész)

Tony és Ziva az igazgatónőt keresik, aki Franks-szel egy régi sivatagi büfében keresi a nyomokat, amiket Decker helyezett el. Egy csapat gyilkos akad Shepard igazgatónő és Franks rejtekhelyére, ahol tűzpárbaj kezdődik. Az igazgatónő meghal, és csak Franks éli túl a találkozást. Az NCIS élére új igazgatót helyeznek.