3x01 Kill Ari (1)
(Öld meg Ari-t! 1. rész)

Miközben a csapat minden tagja a maga módján igyekszik túltenni magát Kate halálán, az NCIS új igazgatót kap, akinek megvan a közös múltja Gibbsszel, s feltűnik Ari Haswari moszados felügyelője is. Egyik nő sem hisz Gibbsnek, aki állítja, Haswari ölte meg Kate-et.

3x02 Kill Ari (2)
(Öld meg Ari-t! 2. rész)

Ari Haswari még nagyobb fájdalmat okoz Gibbsnek azzal, hogy elrabolja Dokit. Gibbs közben ráállítja Tonyt Zivára, később pedig valaki rálő Gibbsre és Jennyre Haswari terepjárójából. Ziva furcsa kapcsolata Arival segít pontot tenni az ügy végre.

3x03 Mind Games
(Elmejáték)

Gibbs utasítást kap arra, hogy új információk reményében beszéljen egy évekkel ezelőtt, általa elfogott gyilkossal a kivégzése előtt. A fegyenc nem hajlandó elárulni az áldozatainak rejtekhelyét, ezért a csapat a saját módszereivel derít rá fényt.

3x04 Silver War
(Kincsvadászat)

Egy, a polgárháború idejéből származó koporsóban egy viszonylag friss holttestet találnak, mellette pedig egy mobiltelefont. Kiderül, hogy az őrmestert élve temették el. Eközben Ziva a csapat tagjává válik, mint Mossad összekötő tiszt.

3x05 Switch
(Helycsere)

Az NCIS egy altiszt meggyilkolásában nyomoz, akit vezetés közben lőttek le az úton. Mikor ellátogatnak a feletteséhez, hogy jelentsék a halálát, kiderül, a halott tiszt nem az, akinek gondolták.

3x06 The Voyeur's Club
(Kukkolók oldala)

Jamie Carrt, egy tengerészőrmester feleségét elraboltnak vélnek, mígnem Gibbs és a csapat olyan bizonyítékot talál, ami azt sugallja, a nőt egy internetes snuff-film keretében meggyilkolták.

3x07 Honor Code
(A Becsületkód)

Elrabolnak egy sorhajóhadnagyot fia mellől a vidámparkban. Az NCIS a magára maradt kisfiú segítségével kezdi meg a nyomozást, ami során egyre több jel utal arra, hogy maga a tiszt is sáros. Gibbs megérzései azonban mást sugallnak.

3x08  Under Covers
(Álruhában)

Egy bérgyilkos-házaspár autóbalesetben életét veszti. A jelek szerint éppen Washingtonba készültek, ahol egy katonákkal teli rendezvényre voltak hivatalosak, s feltételezhetően egy magas rangú vezetőt szándékoztak megölni. Tony és Ziva átveszik a helyüket.

3x09 Frame-Up
(Csapda)

Quanticónál egy pár női alsó végtagra bukkannak. A lábakon talált bizonyítékok, így az elkövető vére és fogsorlenyomata elemzésekor az NCIS meghökkentő felfedezést tesz: a gyilkos nem más, mint DiNozzo ügynök

3x10 Probie
(McGee)

Az NCIS egy magas rangú tisztet kísér, mikor McGee heves vitára lesz figyelmes egy sikátorban. A körülmények arra késztetik, hogy fegyverét használja. Azonban az elhunyt rendőrnyomozó volt, bizonyíték pedig nincs rá, hogy veszélyt jelentett volna.

3x11 Model Behavior
(Modellviselkedés)

Egy tengerészeti bázison egy valóság-show-t forgatnak, amikor az egyik modell rejtélyes körülmények között az életét veszti. A csapat feladata megtalálni a szupermodell gyilkosát. A nyomozás során kiderül, hogy a szerencsétlenül járt áldozat egy szerelmi háromszög tagja volt.

3x12 Boxed In
(Dobozba zárva)

Egy akció során Tony és Ziva bennreked egy fém konténerben, amikor éppen csempészeket akarnának lebuktatni. Tony nyomozni kezd odabent, hátha talál valami említésre méltót a DVD filmek mellett. Fegyverek helyett azonban több láda hamis pénzre bukkannak.

3x13 Deception
(Megtévesztés)

Segélyhívás érkezik az NCIS-hez, egy nukleáris szállítmány megtervezésénél részt vett hadnagytól. Kiderül hogy az elrabolt nő, egy online pedofília ellenes civil szervezetnél is dolgozik, aznap pedig találkozója volt egy megfigyelt személlyel.

3x14 Light Sleeper
(Alvó ügynök)

A csapat egy kényes ügyben folytat nyomozást. Két tengerészgyalogos feleségével végeztek különös kegyetlenséggel, és minden jel arra utal, hogy sorozatgyilkossal van dolguk. Így a csapatnak meg kell találnia az elkövetőt, még mielőtt újra gyilkolna.

3x15 Head Case
(A Fej)

Miközben az NCIS csapata egy autószétszerelő-műhelyt számol fel, az egyik kocsi csomagtartójában egy nemrégiben elhunyt kapitány fejére bukkannak. Kiderül, hogy a kapitányt elhamvasztották, Gibbs szerint viszont a test bizonyosan nem lett elhamvasztva.

3x16 Family Secret
(Családi Titok)

Felrobban egy mentőautó, melyben egy tengerész holttestét szállítják. Gibbs és csapata megállapítják, hogy a kocsiban szállított tiszt és az áldozat DNS-e nem egyezik. Kiderül, hogy a mentő felrobbantása csak egy családi titok elfedésére szolgált.

3x17 Ravenous
(A Ragadozó)

Egy fiatalokból álló csoport egy tengerésztiszthez tartozó dögcédulát talál az egyik nemzeti parkban. A szétmarcangolt holttest alapján a férfival egy medve végzett. Kiderül hogy a tiszt már korábban halott volt, a vele tartózkodó nőnek pedig nyoma veszett.

3x18 Bait
(Csalétek)

Egy 15 éves fiú túszokat ejt saját iskolájában. Azzal fenyegetőzik, hogy felrobbantja a mellkasára erősített bombát, ha nem kerítik elő az édesanyját. Egy lány helyett Gibbs vonul be túsznak, így DiNozzo veszi át az irányítást.

3x19 Iced
(Jégbefagyva)

Két gyerek egy holttestet talál egy befagyott tó jege alatt. A csapat a helyszínre érkezés után további holttestekre bukkan. Később kiderül, hogy három áldozatot az elsőként megtalált főtörzsőrmester fegyverével öltek meg.

3x20 Untouchable
(Az Érinthetetlen)

A Pentagon egyik tanúként beidézett kódfejtőjét holtan találják saját lakásában. A jelek szerint minden ok nélkül fejbe lőtte magát. A nyomozás során azonban a csapat kideríti, hogy az áldozat nem volt egyedül a halálakor.

3x21 Bloodbath
(Vérfürdő)

A csapat egy szokványosnak mondható gyilkossági ügyön dolgozik, amikor valaki Abby életére tör. Nyilvánvalóvá válik, hogy Abby túl közel kerülhetett egy eset megoldásához, ezért akarják őt mindenáron megölni.

3x22 Jeopardy
(Kockázat)

Ziva és Tony egy gyanúsítottat kísér be az NCIS központba, aki nem hajlandó beszállni a liftbe, ezért Ziva kénytelen erőszakhoz folyamodni. Ennek következtében a férfi meghal, és Gibbs nem tudja eldönteni, hogy Ziva felelős-e a gyanúsított haláláért.

3x23 Hiatus (1)
(Hiatus 1. rész)

Egy akció során bekövetkezett robbanásban Gibbs súlyosan megsérül. Kómába kerül, az orvosa szerint viszont az állapota rendben van. A főnök hiányában DiNozzo veszi át az irányítást, de nehezen bír a csapattal, Abby és Ziva felpofozzák egymást.

3x24 Hiatus (2)
(Hiatus 2. rész)

Gibbs felébred a kómából, a történtekre viszont nem emlékszik. Az orvos szerint az amnéziája lelki eredetű, mert az elmúlt 15 évből semmire sem emlékszik. Eközben egy terrorista nyomára akadnak, akinek a robbanáshoz is köze lehetett.