2x01 See No Evil
(Sötétségben)

2x02 The Good Wives Club
(Jó feleségek klubbja)

A második rész tartalmából: egy épület lebontásra van ítélve, amikor azonban beomlik a föld egy része egy nőt találnak menyaszonyi ruhában, az illető már mumifikálódott állapotban van. A csapatra vár a feladat, hogy kiderítse mikor történt és ki lehetett a gyilkost.

2x03 Vanished
(Titokzatos Jelek)

A harmadik rész során újabb tengerész tűnik el. A helikoptere mellett több kisebb-nagyobb ilyen kör alakzatot hagytak a szántóföldön. A nyomok a csapatot egy kis városba írányítják, ahol belefutnak a helyi sheriff-be.

2x04 Lt. Jane Doe
(Az Ismeretlen Hadnagy)

2x05 The Bone Yard
(A Temető)

Egy FBI ügynök holtteste kerül elő egy tengerészeti gyakorló terepen. Az NCIS csapata rájön, hogy a maffia már évek óta oda dobja ki azok testét, akikkel végzett. És nagyon űgy tűnik, hogy a maffiának van egy embere az FBI-nál, Tobias Fornell. Persze most semmi sem az, aminek látszik.

2x06 Terminal Leave
(Végleges Elbocsájtás)

Az Öbölháborúból visszatérő helikopterpilóta talán hazahozta magával a munkáját.

2x07 Call of Silence
(Egy Emlék Fogságában)

Egy II. világháborút is megjárt, Becsületérdemrenddel kitüntetett volt tengerészgyalogos bevallása szerint harc közben meggyilkolta társát. Gibbs nem hisz neki, s be akarja bizonyítani ártatlanságát.

2x08 Heart Break
(Összetört Szívek)

Az NCIS csapata egy beteg ügyében nyomoz, aki rejtélyes módon meggyulladt kórházi ágyán.

2x09 Forced Entry
(Erőszakos Behatolás)

Egy férfi, aki megpróbál megerőszakolni egy nőt egy tengerészeti bázison, egy lehetséges átverés áldozata.

2x10 Chained
(Összeláncolva)

DiNozzo ügynök fegyencként beépül, hogy egy másik rabbal együtt megszökve megtaláljon néhány ellopott iraki antikvitást.

2x11 Black Water
(A Fekete-tó)

Egy magánnyomozó úgy hiszi, megoldott egy halott ügyet, amiért cserébe a millió dolláros jutalmat reméli.

2x12 Doppelgänger
(Színlelt Gyilkosság)

Egy telemarketinges gyilkosság fültanúja lesz. Az NCIS a törvény erőinek egy külső csapatával nyomoz, akik meglehetősen emlékeztetnek rájuk.

2x13 The Meat Puzzle
(Kirakós Játék)

Doki végre rájön a korábban neki címzett testrészek gazdáinak személyazonosságára. Az is világossá válik előtte, hogy a "kirakós játék" figyelmeztetés számára.

2x14 Witness
(Szemtanú)

Egy gyönyörű fiatal nő, aki frissen végzett a MIT-en és aki felkelti McGee ügynök érdeklődését, szemtanúja lesz egy tengerész megfojtásának.

2x15 Caught On Tape
(A Felvétel)

Egy kempingkiruccanás halálossá válik egy tengerészgyalogos számára. Vajon mi vagy ki ölhette meg a tengerészt?

2x16 Pop Life
(Egy posztár élete)

Egy férfi arra ébred, hogy egy halott tengerészaltiszt fekszik mellette, a rendőrség pedig az ajtaja előtt áll.

2x17 An Eye for an Eye
(Szemet szemért)

Egy nő a postaládájában a szomszédságában lakó altisztnek címzett csomagot talál, ami két emberi szemet tartalmaz.

2x18 Bikini Wax
(Bikinis Szépségverseny)

A Virginia Beach-i bikiniverseny egyik résztvevője megfullad egy nyilvános vécében. A nyomozás során DiNozzo rájön Kate egy féltett titkára.

2x19 Conspiracy Theory
(Összeesküvés)

Egy altiszt furcsa hangokat hall és szörnyeket lát éjszakánként. Azonban egyáltalán nem biztos, hogy megőrült.

2x20 Red Cell
(A Vörös Sejt)

Egy főiskolai testvériség beavatási szertartása rossz véget ér egy halott tengerészgyalogos diák felbukkanásával.

2x21 Hometown Hero
(Kisvárosi Hős)

Egy altiszt végrendeletének végrehajtója csontvázat fedez fel a halott férfi bérelt raktárhelyiségében. Mivel az altisztet ezüstcsillagra terjesztették fel, az NCIS-nek fontos kiderítenie, gyilkos volt-e.

2x22 SWAK
(A Rúzsfolt)

DiNozzo felnyitja az NCIS címére érkezett titokzatos levelet, ami a pestis vírusát tartalmazza. Kate-tel együtt karanténba kerül.

2x23 Twilight
(Derengés)

Miután a csapat majdnem életét veszti egy kettős gyilkosságban való nyomozás során, az FBI tájékoztatja az NCIS-t, hogy Ari Haswari visszatért az Egyesült Államokba, s feltehetőleg személyes bosszúra készült Gibbs ellen. Az NCIS súlyos árat fizet: egyik munkatársuk életét.