1x01 Yankee White
(Az elnök különgépe)

Az elnök különgépének fedélzetén egy tengerészparancsnok meghal. Az NCIS ügynökei úgy döntenek, maguk járnak az ügy végére, és beszervezik a titkosszolgálat ügynökét, Kate Toddot is. Ki kell derítenük, hogy a haditengerészeti elöljáró halála természetes volt-e, vagy sem.

1x02 Hang Out To Dry
(Mosatlan Szennyes)

Egy tengerészgyalogos életét veszti egy éjszakai ejtőernyős balesetben, ám Gibbs úgy véli, gyilkosság történt.

1x03 Seadog
(A Lámpás)

Egy tengerészeti parancsnok holttestét mossa partra a tenger, s a bizonyítékok arra engednek következtetni, hogy a férfi drogügyletekben érintett. Gibbs azonban nem hiszi, hogy a halott tiszt sáros volt.

1x04 The Immortals
(A Halhatatlan)

Az NCIS csapata belemerül az internetes szerepjátékok világába, miután egy tengerész halálát leli egy balul elsült videójáték-szimulációban

1x05 The Curse
(A Múmia Átka)

A csapat egy régebbi milliós rablás ügyében kezd nyomozni, miután felbukkannak a tett elkövetésével megvádolt tengerészhadnagy maradványai, tíz évvel eltűnése után.

1x06 High Seas
(Felpörgetve)

Gibbs egy korábbi beosztottja a segítségét kéri egy tengerész ügyében, aki túladagolta magát metamfetaminnel, azonban állítja, sosem nyúlt a droghoz.

1x07 Sub Rosa
(A Szélhámos)

Gibbs és Todd a Sub Rosa tengeralattjárón egy imposztor nyomát kutatják, miután a legénység egy tagjának holttestére bukkannak.

1x08 Minimum Security
(Könnyített Részleg)

Egy titokzatos haláleset a Kubában található Guantanamo Bay-i terrorista-fogolytábor szívébe irányítja Gibbst és csapatát.

1x09 Marine Down
(A Földben)

Az NCIS ügynökei egy különös ügyben kezdenek nyomozni, mikor egy bevetés közben elesett tengerészgyalogos kapcsolatba lép özvegyével "a síron túlról".

1x10 Left for Dead
(Sorsára hagyva)

Todd támogatása alá vesz egy sérült, amnéziás nőt, aki a halál torkából menekült meg, s akinek egyetlen emléke egy bomba, amit egy hadihajón helyeztek el.

1x11 Eye Spy
(Kémműhold)

Egy műholdkezelő véletlenül szemtanúja lesz egy gyilkosságnak, miközben egy meztelen tengerparti napozót kukkol egy tengerészeti bázison.

1x12 My Other Left Foot
(A bal lábam)

Az NCIS csapatának segítségéért folyamodnak, mikor egy eltűnt tengerészgyalogos egyik lába előkerül egy szemeteskonténerből Nyugat-Virginiában.

1x13 One Shot, One Kill
(Egyetlen lövéssel)

Az NCIS egy mesterlövész nyomában van, aki tengerészgyalogos-toborzókra vadászik.

1x14 The Good Samaritan
(Az irgalmas szamaritánus)

Mit sem sejtő autósok, akik megállnak az út szélén segíteni azoknak, akiknek szükségük van rá, holtan bukkannak fel, szemmel láthatóan sorozatgyilkos áldozatává válnak. Amikor egy közeli óceániai bázis tengerészeti hadnagyát is meggyilkolják, az NCIS-en a sor, hogy az ügy végére járjanak.

1x15 Enigma
(Miért?)

Gibbs csomagot kap egy egykori parancsnoktól, aki nemrégiben dezertált Irakban, miután összeesküvés nyomára bukkant, s most az Egyesült Államokból remél segítséget.

1x16 Béte Noire
(Rémálmok)

Túszejtés történik az NCIS főhadiszállásának hullaházában. A túszok Doki, Gerald és Kate. A túszejtő? Egy terrorista. A csapat többi tagja megpróbálja kideríteni, hogy hogyan jutott be a terrorista az épületbe, és miként menthetik ki barátaikat élve.

1x17 The Truth Is Out There
(AZ igazság odát van)

Egy tengerészgyalogos holtteste kerül elő egy illegális éjszakai klubban tartott parti után. A csapat végig vesz minden lehetséges okot, zsarolás, véletlen baleset, netán gyilkosság, hogy megtalálják az ügy megoldását.

1x18 UnSEAled
(UnSEAled)

Megszökik a haditengerészet különleges alakulatának egyik katonája a börtönböl. A tiszt eddig is ártatlannak vallotta magát, és a csapat kideríti, hogy valójában azért szökött meg, hogy megkeresse fiát, és feleségének gyilkosát.

1x19 Dead Man Talking
(Halott ember mesél)

Nyomozás közben életét veszti egy NCIS ügynök, a csapaton a sor, hogy kiderítse mi is történt valójában.

1x20 Missing
(Eltűntek)

Bejelentik egy tengerészgyalogos eltűnését, aki egy riporterrel való randija után nem láttak. A nyomozás során kiderül, hogy a tengerészgyalogos egységének három előző tagja halott, új gyanúsított kerül elő: az egység parancsnoka.

1x21 Split Decision
(Tüzes nő)

A Washington-i erdőben előkerül egy tengerész holtteste, a vizsgálat több szálon is futé s végül a nemzetőrséghez, valamint egy balul elsült fegyverüzlethez vezetnek.

1x22 A Weak Link
(A gyenge láncszem)

A különleges alakulat egyik tagja tréning során meghal, Gibbs és csapata feladata kideríteni, hogy az áldozat halála baleset, vagy gyilkosság volt.

1x22 Reveille
(Ébresztő)

Visszatér a túszejtő terrorista, tervei között pedig az USA elnökének megtámadása is szerepel. Gibbs és csapata megpróbál a nyomára bukkani és kideríteni, hogy ki is az illető, mielőtt még kifutnak az időből, mivel a terrorista elrabolta Kate-et.